به خاطر اختلافی که در نوع برخورد با اشرار و ضدانقلاب فعال در منطقه کردستان با دولت موقت داشت، استعفای خود را تقدیم امام(ره) کرد و طولی نکشید که در سوم اردیبهشت ماه ۱۳۵۹ توسط گروهک تروریستی فرقان به شهادت رسید. شهید قرنی اولین شهید ترور محسوب میشود.
مدیر کل کمیسیون پزشکی بنیاد شهید و امور ایثارگران گفت: همه‌ی جانبازان پس از فوت پرونده جانبازی، مدارک درمانی قبل و یا منجر به فوت، نظریه پزشکی قانونی و گواهی فوت آن‌ها در کمیسیون ماده ۱۵ بررسی میشود، که بر اساس مدارک موجود و محتویات پرونده تصمیم مقتضی اتخاذ می‌گردد.